Важное значение имеет стоимость сырья, подаваемого на переработку. Согласно современным оценкам, на сырье этанольной ферментации приходится 2/3 производственных расходов. К сожалению, многие из легко ферментирующихся субстратов являются источником других не менее ценных продуктов, что естественно сказывается на их стоимости. По более низкой цене доступно менее надежное сырье, которое обычно требует большей предварительной подготовки и дает меньшие выходы этанола, считая на перерабатываемую массу. Примером такого сырья является целлюлоза-дешевое, имеющееся в изобилии, но очень стойкое к ферментации сырье.